Името на джамията, което означава „при банята“, подсказва принадлежността ѝ към някогашния турски комплекс, в който влиза и красивата мраморна постройка на минералната баня.

Баня Баши Джамия е построена по проект на най-изтъкнатия архитект в историята на Османската империя Мимар Синан, със средствата на богатия съдия Молла Сейфуллах в памет на починалата му съпруга през 1566 – 1567 г. Стените ѝ са иззидани от дялан камък, като между каменните редове са поставени червени тухли. Централният купол е покрит с оловни пластини. Събира до 1200 души на големите ислямски празници.